(1)原发性肾小球肾病慢性肾炎与原发性肾小球肾病在临床表现上可十分相似，但慢性肾炎多见于青壮年，常有血尿，出现高血压和肾功能减退，尿蛋白的选择性差。而原发性肾小球肾病多见于儿童，无血尿、高血压、肾功能不全等表现，尿蛋白选择性良好。对激素和免疫抑制剂的治疗，原发性肾小球肾病患者非常敏感，而慢性肾炎患者效果较差。最后，肾活检可帮助诊断。
　　(2)慢性肾盂肾炎慢性肾盂肾炎的临床表现可类似慢性肾炎，但详细询问有泌尿系感染的病史(尤其是女性)，尿中白细胞较多，可有白细胞管型，尿细菌培养阳性，静脉肾盂造影和核素肾图检查有二侧肾脏损害程度不等的表现，这些都有利于慢性肾盂肾炎的诊断。
　　(3)结缔组织疾病系统性红斑狼疮、结节性多动脉炎等胶原性疾病中肾脏损害的发生率很高，其临床表现可与慢性肾炎相似，但此类疾病大都同时伴有全身和其他系统症状，如发热、皮疹、关节痛、肝脾肿大，化验时可以发现特征性指标异常(如狼疮性肾炎血液化验可见抗核抗体阳性)。
　　(4) 高血压病血压持续增加的慢性肾炎应与原发性高血压伴肾损害鉴别，后者发病年龄常在40 岁以后，高血压出现在尿改变之前，尿蛋白常不严重而肾小管功能损害较明显。心、脑血管及视网膜血管硬化性改变常较明显。
　 (5)慢性肾盂肾炎可从以下几点进行鉴别：① 病史方面：有泌尿系感染病史、症状，如尿频、尿急、尿痛、腰痛等症状，有助于慢性肾盂肾炎的诊断。②尿检查：如尿液中白细胞明显增多，甚至有白细胞管型，尿细菌培养阳性，而慢性肾炎是以尿中反复出现尿蛋白为主。③静脉肾盂造影时可发现肾有疤痕变形，呈杵状扩张，或肾影两侧不对称；放射性核素肾图检查，双侧肾功能损害差别较大(以一侧为甚)，均提示慢性肾盂肾炎。④当慢性肾炎合并感染时，用抗生素治疗后尿改变和氮质血症虽也会好转，但慢性肾炎的症状仍然存在，而慢性肾盂肾炎则症状会基本消失。 　　
　　(6)恶性高血压病 恶性高血压病多见于患有高血压病的中年人，常在短期内会引起肾功能不全，故易与慢性肾炎并发高血压者相混淆。恶性高血压病的血压比慢性肾炎为高，常在2917kPa(200130mm Hg)或更高。但起病初期尿改变大多不明显，尿蛋白量少，无低蛋白血症，无明显水肿。因为恶性高血压病时的小动脉硬化坏死是全身性的，故常见视网膜小动脉高度缩窄，硬化，并常伴有出血和渗血，视乳头水肿，心脏扩大，心功能不全也较明显，这些均可做为鉴别诊断的依据。若慢性肾炎并发高血压而演变为恶性高血压者，则是有长期慢性肾炎病史的患者，病情突然恶化，出现血压明显升高，肾功能迅速恶化，并出现视网膜出血、视乳头水肿，甚则出现高血压脑病等症状。
　　(7)狼疮性肾炎狼疮性肾炎的临床表现与肾脏组织学改变均可与慢性肾炎相似。但系统性红斑狼疮以女性常见，可伴有发热、皮疹、关节炎等多系统受损表现。血细胞下降，免疫球蛋白增加，可查到狼疮细胞，抗核抗体阳性，血清补体水平下降。肾脏组织学检查可见免疫复合物广泛沉积于肾小球的各个部位。免疫荧光检查常呈“满堂亮”表现。